Панель спастической параплегии

Контент

Идеально подходит для пациентов с клиническим подозрением на спастическую параплегию.

  • Подавляющее большинство тестов завершаются в течение 28 дней. Панели можно настроить, добавив гены из любого из генов нашей панели или удалив гены из выбранной панели. Заказ одного гена или панели для вашего пациента дает вам возможность расширить его до Exome на срок до двух лет после того, как будут опубликованы первоначальные результаты теста. '>
  • PLUS

Резюме

Резюме

Панель Blueprint Genetics Spastic Paraplegia (код теста NE0501):

Коды МКБ

Обратитесь к последней версии руководства ICD-10-CM для получения полного списка кодов ICD-10.

Требования к образцам

  • Кровь (мин. 1 мл) в пробирке с ЭДТА
  • Извлеченная ДНК, мин. 2 мкг в буфере TE или эквивалентном
  • Слюна (см. Требования к образцам принятых наборов слюны)

Промаркируйте пробирку с образцом, указав имя пациента, дату рождения и дату взятия образца.

Мы не принимаем образцы ДНК, выделенные из фиксированной формалином залитой парафином (FFPE) ткани. Кроме того, если пациент страдает гематологическим злокачественным новообразованием, настоятельно рекомендуется извлекать ДНК из негематологического источника (например, фибробластов кожи).

Обратите внимание, что в редких случаях варианты митохондриального генома (мтДНК) могут не обнаруживаться в крови или слюне, и в этом случае ДНК, выделенная из постмитотической ткани, такой как скелетные мышцы, может быть лучшим вариантом.

Подробнее о наших требованиях к образцам читайте здесь.

О спастической параплегии

Спастическая параплегия - это группа клинически и генетически гетерогенных нейродегенеративных заболеваний, характеризующихся спастичностью и слабостью нижних конечностей. Если симптомы проявляются в раннем детстве, они могут быть непрогрессирующими и напоминать спастический диплегический церебральный паралич. Если симптомы проявляются позже, они обычно прогрессируют медленно и неуклонно. Клинически спастическая параплегия классифицируется как несиндромальная (неосложненная) или синдромальная (осложненная). Несиндромальные спастические параплегии характеризуются медленно прогрессирующей спастичностью и слабостью нижних конечностей, часто связанной с гипертоническими нарушениями мочеиспускания, легким снижением чувствительности к вибрации нижних конечностей и, иногда, ощущения положения суставов. Синдромные формы спастической параплегии характеризуются наличием дополнительных неврологических или неневрологических особенностей.Распространенность HSP оценивается в 1–9 / 100 000 (GeneReviews NBK1509).

Контент панели

Гены в панели спастической параплегии и их клиническое значение

Ген Ассоциированные фенотипы Наследование ClinVar HGMD
ABCD1 * Адренолейкодистрофия XL 95 663
AFG3L2 * Спастическая атаксия, Спиноцеребеллярная атаксия AD / AR 22 40
ALDH18A1 Спастическая параплегия, Cutis laxa AD / AR 22 30
ALS2 Боковой амиотрофический склероз, спастический паралич AR 33 68
AP4B1 Спастическая параплегия 47, аутосомно-рецессивная AR 17 18
AP4E1 Заикание, семейное стойкое, 1, спастическая параплегия 51, аутосомно-рецессивный AD / AR 7 15
AP4M1 Спастическая параплегия 50, аутосомно-рецессивная AR 16 13
AP4S1 # * Спастическая параплегия 52, аутосомно-рецессивная AR 9 8
AP5Z1 Спастическая параплегия 48, аутосомно-рецессивная AR 11 14
ARG1 Гипераргининемия AR 28 год 54
ARL6IP1 * Спастическая параплегия 61 AR 1 4
ATAD3A * Синдром Хареля-Юна AD / AR 4 17
ATL1 Спастическая параплегия, невропатия, наследственная сенсорная ОБЪЯВЛЕНИЕ 29 84
B4GALNT1 Спастическая параплегия AR 7 13
BSCL2 Липодистрофия, врожденная генерализованная, Энцефалопатия, прогрессирующая, Невропатия, дистальная наследственная двигательная, тип VA, болезнь Шарко-Мари-Тута, тип 2, синдром Сильвера, синдром серебряной спастической параплегии, спастическая параплегия 17 AD / AR 34 50
BTD Дефицит биотинидазы AR 170 247
C12ORF65 Спастическая параплегия, дефицит комбинированного окислительного фосфорилирования AR 10 11
C19ORF12 Спастическая параплегия, нейродегенерация с накоплением железа в мозге AR 15 37
CACNA1G Спиноцеребеллярная атаксия 42 8 11
CAPN1 Спастическая параплегия 76, аутосомно-рецессивная AR 6 16
УДОБНЫЙ Нейродегенерация с накоплением железа в мозге 6 AR 3 3
CTNNB1 Экссудативная витреоретинопатия 7, Умственная отсталость, аутосомно-доминантная 19 ОБЪЯВЛЕНИЕ 90 51
CYP27A1 Церебротехнический ксантоматоз AR 69 110
CYP2U1 Спастическая параплегия 56, аутосомно-рецессивная AR 14 19
CYP7B1 Нарушение синтеза желчных кислот, спастическая параплегия 5А, аутосомно-рецессивный AR 18 60
ДАРС Гипомиелинизация с поражением ствола и спинного мозга и спастичностью ног AR 11 17
DDHD1 Спастическая параплегия AR 5 11
DDHD2 Спастическая параплегия AR 18 19
ERLIN2 Спастическая параплегия 18, аутосомно-рецессивная AR 7 13
FA2H Спастическая параплегия AR 18 51
FARS2 Дефицит комбинированного окислительного фосфорилирования 14, Спастическая параплегия 77, аутосомно-рецессивный AR 17 20
FXN * Атаксия Фридрейха AR 13 63
ГАЛК Болезнь Краббе AR 107 243
GBA2 Мозжечковая атаксия со спастичностью AR 11 22
GBE1 Болезнь накопления гликогена AR 36 70
GCH1 Допа-зависимая дистония Гиперфенилаланинемия, BH4-дефицитная, GTP-циклогидролазная 1-дефицитная допа-чувствительная дистония AD / AR 48 240
GJC2 Спастическая параплегия, лимфедема, наследственная, лейкодистрофия, гипомиелинизирующая AD / AR 26 год 57 год
GPT2 Умственная отсталость, аутосомно-рецессивный 49, Микроцефалия, Спастическая параплегия AR 5 7
HACE1 Спастическая параплегия и задержка психомоторного развития с припадками или без них AR 13 13
HSPD1 * Спастическая параплегия, лейкодистрофия, гипомиелинизация AD / AR 5 5
IBA57 Синдром множественной митохондриальной дисфункции 3, Спастическая параплегия 74, аутосомно-рецессивный AR 14 23
IRF2BPL Расстройство нервного развития с гипотонией, судорогами и отсутствием языка ОБЪЯВЛЕНИЕ 9 2
KDM5C Умственная отсталость, синдромальная, Класа-Йенсена XL 47 55
KIAA0196 Спастическая параплегия, синдром Ритчера-Шинцеля (синдром 3С) AD / AR 15 18
KIDINS220 Спастическая параплегия, умственная отсталость, нистагм и ожирение (SINO) AD / AR 4 8
KIF1A Спастическая параплегия, Невропатия, наследственная сенсорность, Умственная отсталость AD / AR 63 42
KIF5A Спастическая параплегия ОБЪЯВЛЕНИЕ 18 62
L1CAM Умственная отсталость, афазия, синдром шаркающей походки и приведенных больших пальцев (MASA), гидроцефалия из-за врожденного стеноза водопровода Сильвия, спастический, CRASH-синдром, мозолистое тело, частичная агенезия XL 80 292
L2HGDH L-2-гидроксиглутаровая ацидурия AR 15 79
MARS2 Комбинированный дефицит окислительного фосфорилирования AR 8 5
NIPA1 Спастическая параплегия ОБЪЯВЛЕНИЕ 5 16
NKX6-2 Спастическая атаксия 8, аутосомно-рецессивная, с гипомиелинизирующей лейкодистрофией AR 4 8
NT5C2 Спастическая параплегия 45 AR 8 7
ПАУ Гиперфенилаланинемия, легкая не-фенилкетонурия, фенилкетонурия AR 294 966
PLP1 Спастическая параплегия, болезнь Пелицея-Мерцбахера XL 60 348
PNPLA6 Синдром Лоуренса-Муна, Синдром Буше-Нойхаузера, Спастическая параплегия 39 AR 26 год 58
РАРС Лейкодистрофия гипомиелинизирующая 9 AR 12 11
REEP1 Спастическая параплегия, Дистальная наследственная двигательная нейронопатия ОБЪЯВЛЕНИЕ 16 60
RTN2 Спастическая параплегия 12, аутосомно-доминантная ОБЪЯВЛЕНИЕ 4 5
SACS Спастическая атаксия, Шарлевуа-Сагеней AR 254 262
SETX Атаксия с глазодвигательной апраксией, боковой амиотрофический склероз, ювенильная, спиноцеребеллярная атаксия AD / AR 36 210
SLC16A2 Синдром Аллана-Херндона-Дадли XL 39 84
SLC1A4 Спастическая тетраплегия, тонкое мозолистое тело и прогрессирующая микроцефалия AR 4 8
SLC25A15 * Синдром гиперорнитинемии-гипераммониемии-гомоцитруллинемии AR 24 36
SLC33A1 * Врожденная катаракта, потеря слуха и нейродегенерация, спастическая параплегия 42, аутосомно-доминантный AD / AR 6 7
СПАСТ Спастическая параплегия ОБЪЯВЛЕНИЕ 193 723
SPG11 Спастическая параплегия, боковой амиотрофический склероз, болезнь Шарко-Мари-Тута AR 162 274
SPG20 Спастическая параплегия (синдром Тройера) AR 9 7
SPG7 Спастическая параплегия AR 69 111
SPR Дистония, допа-чувствительная, из-за недостаточности сепиаптеринредуктазы AR 12 23
TECPR2 Спастическая параплегия 49, аутосомно-рецессивная AR 9 6
TFG Спастическая параплегия, Наследственная моторная и сенсорная нейропатия, проксимальная AR 4 7
TH Синдром Сегавы, аутосомно-рецессивный AR 44 год 71
UBAP1 Спастическая параплегия ОБЪЯВЛЕНИЕ 1
ZFYVE26 Спастическая параплегия 15 AR 63 39

* Некоторые или все гены дублируются в геноме. Прочитайте больше.

# Ген имеет субоптимальное покрытие (означает, что 20-кратное увеличение с оценкой качества картирования (MQ>20) считываний), и / или у гена есть экзоны, перечисленные в разделе ограничений теста, которые не включены в панель, поскольку они недостаточно покрыты последовательностью высокого качества читает.

Чувствительность к обнаружению вариантов может быть ограничена в генах, отмеченных звездочкой (*) или знаком числа (#). Из-за возможных ограничений эти гены могут быть недоступны в качестве тестов для одного гена.

Ген относится к одобренному HGNC символу гена; Наследование относится к паттернам наследования, таким как аутосомно-доминантный (AD), аутосомно-рецессивный (AR), митохондриальный (mi), X-связанный (XL), X-связанный доминантный (XLD) и X-связанный рецессивный (XLR); ClinVar означает количество вариантов в гене, классифицированных как патогенные или вероятные патогенные в этой базе данных (ClinVar); HGMD относится к числу вариантов с возможной ассоциацией с заболеванием в гене, перечисленном в базе данных мутаций генов человека (HGMD). Список связанных геноспецифичных фенотипов генерируется из баз данных CGD или Mitomap.

Варианты без кодирования, охватываемые панелью спастической параплегии

Ген Геномное расположение HG19 HGVS RefSeq RS-номер
ARG1 Chr6: 131901748 ок. 306-611T>C NM_000045.3
BSCL2 Chr11: 62470032 c.405-11A>G NM_001122955.3
BTD Chr3: 15683399 c.310-15delT NM_000060.2 rs587783008
BTD Chr3: 15687154 c. * 159G>А NM_000060.2 rs530872564
ГАЛК Chr14: 88401064 c. * 12G>А NM_000153.3 rs372641636
ГАЛК Chr14: 88459574 c.-66G>C NM_000153.3 rs146439771
ГАЛК Chr14: 88459575 c.-67T>G NM_000153.3 rs571945132
ГАЛК Chr14: 88459917 с.-74Т>А NM_001201402.1
ГАЛК Chr14: 88459971 c.-128C>T NM_001201402.1 rs181956126
GBE1 Chr3: 81542964 c.2053-3358_2053-3350delGTGTGGTGGinsTGTTTTTTACATGACAGGT NM_000158.3 rs869320698
GCH1 Chr14: 55369403 с.-22С>Т NM_000161.2
GJC2 Chr1: 228337558 c.-170A>G NM_020435.3
GJC2 Chr1: 228337561 c.-167A>G NM_020435.3
GJC2 Chr1: 228337709 в.-20 + 1G>C NM_020435.3
L1CAM ChrX: 153128846 c.3531-12G>А NM_000425.4
L1CAM ChrX: 153131293 c.2432-19A>C NM_000425.4
L1CAM ChrX: 153133652 c.1704-75G>Т NM_000425.4
L1CAM ChrX: 153133926 ок. 1547-14delC NM_000425.4
L1CAM ChrX: 153136500 около 523 + 12С>Т NM_000425.4
L2HGDH Chr14: 50735527 около 906 + 354G>А NM_024884.2
ПАУ Chr12: 103232809 c. * 144A>G NM_000277.1 rs375319584
ПАУ Chr12: 103237404 c.1199 + 20G>C NM_000277.1 rs62509018
ПАУ Chr12: 103237407 c.1199 + 17G>А NM_000277.1 rs62508613
ПАУ Chr12: 103237568 ок. 1066-11G>А NM_000277.1 rs5030855
ПАУ Chr12: 103237568 ок. 1066-12delT NM_000277.1
ПАУ Chr12: 103237570 ок. 1066-13T>G NM_000277.1
ПАУ Chr12: 103237571 ок. 1066-14C>G NM_000277.1 rs62507334
ПАУ Chr12: 103238075 ок. 1065 + 39G>Т NM_000277.1 rs62510582
ПАУ Chr12: 103260355 c.509 + 15_509 + 18delCTTG NM_000277.1 rs1335303703
ПАУ Chr12: 103288709 c.169-13T>G NM_000277.1 rs62507341
PLP1 ChrX: 103031997 c.4 + 78_4 + 85delGGGGGTTC NM_000533.3
PLP1 ChrX: 103041680 c.453 + 28_453 + 46delTAACAAGGGGTGGGGGAAA NM_000533.3
PLP1 ChrX: 103042405 c.454-322G>А NM_000533.3
PLP1 ChrX: 103042413 c.454-314T>A / G NM_000533.3
PLP1 ChrX: 103042413 c.454-314T>А NM_000533.3
PLP1 ChrX: 103042413 c.454-314T>G NM_000533.3
SPR Chr2: 73114549 с.-13G>А NM_003124.4 rs750423023
TH Chr11: 2187017 c.1198-24T>А NM_199292.2
TH Chr11: 2188749 c.738-34G>C NM_199292.2
TH Chr11: 2193085 с.-69T>А NM_199292.2
TH Chr11: 2193086 c.-70G>А NM_199292.2
TH Chr11: 2193087 с.-71C>T NM_199292.2 rs549435434

Сила теста и ограничения

Сильные стороны теста

  • Лаборатория, аккредитованная CAP
  • Персонал с сертификатом CLIA, проводящий клинические испытания в лаборатории с сертификатом CLIA.
  • Мощные технологии секвенирования, передовые методы обогащения мишеней и конвейеры точной биоинформатики обеспечивают превосходные аналитические характеристики
  • Тщательное построение клинически эффективных и научно обоснованных генных панелей
  • Некоторые панели включают весь митохондриальный геном (см. Раздел «Содержание панели»).
  • Наш онлайн-портал Nucleus обеспечивает прозрачный и легкий доступ к данным о качестве и производительности на уровне пациента.
  • Наша общедоступная аналитическая проверка, демонстрирующая полную информацию о производительности теста

Ограничения теста

Следующие экзоны не включены в панель, поскольку они недостаточно покрыты высококачественными считываниями последовательностей: AP4S1 (NM_001254727: 6). Гены с субоптимальным охватом в нашем анализе отмечены числовым знаком (#), а гены с частичными или целыми генными сегментными дупликациями в геноме человека отмечены звездочкой (*), если они перекрываются с областями псевдогена UCSC. Считается, что ген имеет субоптимальное покрытие, если>90% целевых нуклеотидов гена не покрываются при>20x показаниях оценки качества картирования (MQ>20). Технология может иметь ограниченную чувствительность для обнаружения вариантов в генах, отмеченных этими символами (см. Таблицу содержания панели выше).

  • Сложные инверсии
  • Конверсии генов
  • Сбалансированные транслокации
  • Некоторые панели включают весь митохондриальный геном, но не все (см. Раздел «Содержание панели»).
  • Повторите нарушения расширения, если не указано иное
  • Некодирующие варианты глубже, чем ± 20 пар оснований от границы экзон-интрон, если не указано иное (см. Выше Содержание панели / некодирующие варианты, охваченные панелью).
  • Низкий уровень мозаицизма ядерных генов (вариант с минорной долей аллеля 14,6% выявляется с вероятностью 90%)
  • Растяжки мононуклеотидных повторов
  • Низкий уровень гетероплазмии в мтДНК (>90% обнаруживаются на уровне 5%)
  • Индели больше 50 б.п.
  • Делеции или дупликации одного экзона
  • Варианты внутри псевдогенных областей / дублированных сегментов
  • Некоторые вызывающие заболевание варианты, присутствующие в мтДНК, не обнаруживаются в крови, поэтому для установления молекулярного диагноза может потребоваться постмитотическая ткань, такая как скелетная мышца.

Чувствительность этого теста может быть снижена, если ДНК извлекается не в Blueprint Genetics, а в другой лаборатории.

Для получения дополнительной информации, пожалуйста, обратитесь к разделу «Производительность теста» и просмотрите нашу аналитическую валидацию.

Производительность теста

Гены на панели были тщательно отобраны на основе научной литературы, баз данных о мутациях и нашего опыта.

Наши панели сделаны на основе высококачественного клинического анализа NGS. Пожалуйста, ознакомьтесь с нашей таблицей производительности секвенирования и обнаружения для получения подробной информации о нашей способности обнаруживать различные типы изменений (таблица).

Анализы были валидированы для различных типов образцов, включая кровь с ЭДТА, изолированную ДНК (за исключением фиксированной формалином ткани, залитой парафином), слюну и сухие пятна крови (фильтровальные карты). Эти типы образцов были выбраны, чтобы максимизировать вероятность получения высококачественной ДНК. Возможности диагностики варьируются в зависимости от используемого анализа, направления к врачу, больницы и страны. Кроме того, анализ увеличивает вероятность установления генетического диагноза для вашего пациента, поскольку большие делеции и дупликации не могут быть обнаружены с помощью одного только анализа последовательностей. Blueprint Genetics 'Plus Analysis - это комбинация анализа секвенирования и делеции / дупликации (вариант числа копий (CNV)).

Приведенные ниже показатели производительности получены при первоначальной проверке, проведенной в нашей основной лаборатории в Финляндии. Показатели производительности нашей лаборатории в Сиэтле, штат Вашингтон, эквивалентны.

Проведение высококачественного анализа NGS клинического уровня с помощью Blueprint Genetics для панелей.

Чувствительность% (TP / (TP + FN) Специфичность%
Варианты с одним нуклеотидом 99,89% (99 153/99 266) >99,9999%
Вставки, удаления и вставки с помощью анализа последовательности
1-10 бит / с 99,2% (7 745/7 806) >99,9999%
11-50 бит / с 99,13% (2524/2546) >99,9999%
Копирование вариантов числа (dels / dups на уровне экзона)
Делеция на уровне 1 экзона (гетерозиготная) 100% (20/20) NA
Делеция на уровне 1 экзона (гомозиготная) 100% (5/5) NA
Делеция на уровне 1 экзона (het или homo) 100% (25/25) NA
Делеция на уровне 2-7 экзонов (het или homo) 100% (44/44) NA
Дупликация на уровне 1-9 экзонов (het или homo) 75% (6/8) NA
Имитация обнаружения CNV
Удаление / дупликация на уровне 5 экзонов 98,7% 100,00%
SDR для микроделеции / -дупликации (большие CNV, n = 37))
Диапазон размеров (0,1-47 Мб) 100% (25/25)
Показатели, представленные выше, достигнуты с помощью высококачественного NGS-анализа клинического уровня качества Blueprint Genetics со следующими показателями охвата
Средняя глубина секвенирования 143X
Нуклеотиды с охватом секвенирования>20x (%) 99,86%

Проведение анализа секвенирования митохондрий Blueprint Genetics.

Чувствительность% Специфичность%
АНАЛИТИЧЕСКАЯ ПРОВЕРКА (образцы NA; n = 4)
Варианты с одним нуклеотидом
Гетероплазматический (45-100%) 100,0% (50/50) 100,0%
Гетероплазматический (35-45%) 100,0% (87/87) 100,0%
Гетероплазматический (25-35%) 100,0% (73/73) 100,0%
Гетероплазматический (15-25%) 100,0% (77/77) 100,0%
Гетероплазматический (10-15%) 100,0% (74/74) 100,0%
Гетероплазматический (5-10%) 100,0% (3/3) 100,0%
Гетероплазматический ( 50,0% (2/4) 100,0%
КЛИНИЧЕСКАЯ ПРОВЕРКА (n = 76 образцов)
Все типы
Варианты с одним нуклеотидом n = 2026 SNV
Гетероплазматический (45-100%) 100,0% (1940/1940) 100,0%
Гетероплазматический (35-45%) 100,0% (4/4) 100,0%
Гетероплазматический (25-35%) 100,0% (3/3) 100,0%
Гетероплазматический (15-25%) 100,0% (3/3) 100,0%
Гетероплазматический (10-15%) 100,0% (9/9) 100,0%
Гетероплазматический (5-10%) 92,3% (12/13) 99,98%
Гетероплазматический ( 88,9% (48/54) 99,93%
Инсерции и делеции с помощью анализа последовательностей n = 40 инделей
Гетероплазматический (45-100%) 1-10 пн. 100,0% (32/32) 100,0%
Гетероплазматический (5-45%) 1-10 пар оснований 100,0% (3/3) 100,0%
Гетероплазматический ( 100,0% (5/5) 99,997%
ДАННЫЕ МОДЕЛИРОВАНИЯ / (мутации митокарты)
Вставки и делеции 1-24 п.н. с помощью анализа последовательности; n = 17
Гомоплазматический (100%) 1-24 п.н. 100,0% (17/17) 99,98%
Гетероплазматический (50%) 100,0% (17/17) 99,99%
Гетероплазматический (25%) 100,0% (17/17) 100,0%
Гетероплазматический (20%) 100,0% (17/17) 100,0%
Гетероплазматический (15%) 100,0% (17/17) 100,0%
Гетероплазматический (10%) 94,1% (16/17) 100,0%
Гетероплазматический (5%) 94,1% (16/17) 100,0%
Варианты числа копий (отдельные искусственные мутации; n = 1500)
Гомоплазматический (100%) 500 п.н., 1 кб, 5 кб 100,0% 100,0%
Гетероплазматический (50%) 500 п.н., 1 кб, 5 кб 100,0% 100,0%
Гетероплазматический (30%) 500 п.н., 1 кб, 5 кб 100,0% 100,0%
Гетероплазматический (20%) 500 п.н., 1 кб, 5 кб 99,7% 100,0%
Гетероплазматический (10%) 500 п.н., 1 кб, 5 кб 99,0% 100,0%
Представленные выше характеристики достигнуты за счет следующих показателей охвата на уровне анализа (n = 66)
Среднее значение медианы Медиана медиан
Средняя глубина секвенирования MQ0 (клиническая) 18224X 17366X
Нуклеотиды с охватом секвенированием>1000x MQ0 (%) (клинический) 100%
линия клеток rho zero (= без мтДНК), средняя глубина секвенирования 12X

Биоинформатика и клиническая интерпретация

Биоинформатика

Целевая область для каждого гена включает кодирующие экзоны и ± 20 пар оснований от границы экзон-интрон. Кроме того, панель включает варианты без кодирования и нормативные требования, если они перечислены выше (варианты без кодирования, охватываемые панелью). Некоторые участки гена (ов) могут быть удалены из панели, если это специально указано в разделе «Ограничения теста» выше. Если тест включает митохондриальный геном, список генов целевой области содержит митохондриальные гены. Данные секвенирования, полученные в нашей лаборатории, анализируются с помощью нашего запатентованного конвейера анализа данных и аннотаций, объединяющего самые современные алгоритмы и стандартные программные решения. Включение строгих шагов контроля качества на протяжении всего рабочего процесса конвейера обеспечивает согласованность, достоверность и точность результатов.Наш конвейер оптимизирован, чтобы обеспечить максимальную чувствительность без ущерба для специфичности. Мы включили ряд баз данных эталонных популяций и баз данных мутаций, включая, помимо прочего, 1000 Genomes Project, gnomAD, ClinVar и HGMD в наше программное обеспечение для клинической интерпретации, чтобы сделать процесс эффективным и действенным. Для вариантов с миссенс,Инструменты прогнозирования вариантов in silico , такие как SIFT, PolyPhen, MutationTaster, используются для помощи в классификации вариантов. Через нашу онлайн-систему заказов и отчетов, Nucleus, поставщики заказов имеют доступ к деталям анализа, включая метрики секвенирования для конкретного пациента, график уровня охвата генов и список регионов с субоптимальным охватом (

Клиническая интерпретация

Мы предоставляем клиентам самый полный клинический отчет, доступный на рынке. Клиническая интерпретация требует фундаментального понимания клинической генетики и генетических принципов. В Blueprint Genetics наши кандидаты наук по молекулярной генетике, медицинские генетики и клинические консультанты вместе готовят клиническое заключение, оценивая идентифицированные варианты в контексте фенотипической информации, предоставленной в форме заявки. Наша цель - предоставить клинически значимые утверждения, понятные для всех медицинских работников, независимо от того, имеют ли они формальное образование в области генетики.

Классификация вариантов является краеугольным камнем клинической интерпретации и вытекающих из нее решений по ведению пациентов. Наши классификации соответствуют рекомендациям ACMG 2015.

Последний шаг в анализе - ортогональное подтверждение. Варианты последовательности и количества копий, классифицируемые как патогенные, вероятные патогенные и варианты с неопределенной значимостью (VUS), подтверждаются с помощью двунаправленного секвенирования по Сэнгеру ортогональными методами, такими как qPCR / ddPCR, когда они не соответствуют нашим строгим показателям качества NGS для истинно положительного результата. .

Наше клиническое заявление включает таблицы для секвенирования и вариантов числа копий, которые включают основную информацию о вариантах (геномные координаты, номенклатура HGVS, зиготность, частоты аллелей, предсказания in silico, фенотипы OMIM и классификация варианта). Кроме того, заявление включает подробные описания варианта, гена и фенотипа (ов), включая роль конкретного гена в заболевании человека, профиль мутации, информацию об изменении гена в популяционных когортах и ​​подробную информацию о связанных фенотипах. Мы также предоставляем ссылки на справочные материалы, рефераты и базы данных вариантов, которые используются, чтобы помочь поставщикам заказов в дальнейшей оценке полученных результатов, если это необходимо. Заключение суммирует всю имеющуюся информацию и дает наше обоснование классификации варианта.

Выявление патогенных или вероятных патогенных вариантов при доминантных расстройствах или их комбинаций в различных аллелях при рецессивных расстройствах считается молекулярным подтверждением клинического диагноза. В этих случаях для стратификации риска можно использовать тестирование членов семьи. Мы не рекомендуем использовать варианты с неопределенной значимостью (VUS) для стратификации риска членов семьи или ведения пациентов. Рекомендуется генетическое консультирование.

Наша команда интерпретаторов анализирует миллионы вариантов от тысяч людей с редкими заболеваниями. Наша внутренняя база данных и наше понимание вариантов и родственных фенотипов увеличивается с каждым анализируемым случаем. Таким образом, наша лаборатория имеет все возможности для переклассификации ранее описанных вариантов по мере появления новой информации. Если вариант, о котором ранее сообщала Blueprint Genetics, переклассифицируется, наша лаборатория без дополнительных затрат выдаст последующее заявление первому заказавшему его поставщику медицинских услуг.